SBML 的核心概念
SBML 使用 XML 格式来定义生物模型的各个方面，包括：
- 物种 (Species): 表示生物实体，例如分子或细胞组分。
- 反应 (Reactions): 描述物种之间的化学或生物学转化。
- 参数 (Parameters): 定义影响反应和物种行为的常数。
- 模型 (Model): 包含上述所有元素的完整描述，以及模型范围的参数。
SBML 还支持扩展，以适应各种生物学模型的复杂性，例如，SBML Level 3 版本提供了更丰富的功能，包括对多 Compartment、规则、事件和单位的支持。
SBML 的优势
SBML 提供了许多重要的优势，使其成为系统生物学研究的理想标准：
- 互操作性： 允许不同的软件工具之间共享和重用模型。
- 标准化： 提供了一种统一的模型表示方式，减少了歧义，促进了研究结果的可重复性。
- 可读性： SBML 格式易于阅读和理解，方便研究人员检查和修改模型。
- 扩展性： 可以通过添加新的功能和扩展来适应新的生物学发现和建模需求。
SBML 的应用
SBML 被广泛应用于各种系统生物学研究领域，包括：
- 模型构建： 创建生物化学反应网络模型，模拟细胞过程。
- 模型分析： 使用各种仿真和分析工具，研究模型的行为。
- 模型交换： 在不同的研究小组之间分享和重用模型。
- 数据库： 用于存储和管理生物学模型，例如 BioModels Database。
结论
SBML 作为一种开放、标准化的模型表示格式，极大地推动了系统生物学的发展。 它促进了模型构建、分析和共享，为理解复杂的生物系统提供了重要的工具。 随着生物学研究的不断深入，SBML 将继续发挥重要作用，推动该领域的发展。